当子宫内膜异位症侵犯直肠、乙状结肠而范围较广时，往往在该处形成硬块，造成部分梗阻，个别情况异位子宫内膜侵及肠粘膜引起出血，则更似直肠。但直肠的发生率远较肠子宫内膜异位症的发生率高。一般直肠患者体重减轻明显，肠出血较频，与月经无关，无痛经。肛诊时肿瘤固定于肠壁，肠壁四周皆狭窄。钡灌肠可见肠粘膜不平，钡充盈不良范围小。乙状结肠镜检查看到溃疡，出血，活检可确诊。肠子宫内膜异位症体重不减轻，肠很少出血，个别出血也在月经期发生，痛经较重。肛诊时粘膜与其底部肿块不相粘连，仅前壁发硬。钡灌肠显示肠粘膜光滑，钡充盈不良范围广。