肛瘘的治疗以手术治疗为主，但许多患者对手术有所顾虑，尤其惧怕手术后的肛门失禁，故对手术治疗采取回避的态度。首先我们要知道，肛瘘是肛管、直肠因病理原因形成的与肛门周围皮肤相通的异常管道，因管道往往穿过肛门外约肌，根据管道穿过外括约肌的关系分为两类：位于外括约肌深部以下的为低位肛瘘；位于外括约部以上的为高位肛瘘。
 
    排便的控制需要一个完整的反射机制，其中括约肌一肛管直肠环在控制排便方面起着重要作用。肛管直肠环由耻骨直肠肌、肌管外约肌深部、肛管内括约肌和直肠纵肌纤维组成一个肌环，此环切断即引起肛门失禁。

    在肛瘘手术中若损伤此环，就会导致肛门失禁，但低位肛瘘的瘘管在此环以下，手术往往不会损伤此环，也就不会使肛门失禁；即使是高位肛瘘，也可选择适当的方法门失禁的发生和减轻肛门失禁的程度。由于在肛瘘中低位肛瘘占80％以上，因此，可以说绝大多数肛瘘患者在手术后是不会发生肛门失禁的。