手术前24h流质饮食或者12h前禁食，手术前30min肌注阿托品0.5mg，安定10mg(成人)，然后硬膜外或软麻，麻醉满意后取膀胱截石位，用新洁尔灭消毒会阴部，铺无菌洞巾带无菌手套后用双手食指、中指伸入肛门扩松肛门后齿状线部位可显露用探针(银质圆头)，右手持探针，左手食指、中指伸入肛门内，然后从外口用探针伸入，左手食指、中指可感觉隔层探针走行，直到内口处，将穿出内口的探针弯成勾形以免滑出，用手术刀(尖形略好)沿探针方向逐层切开至内口，若多条瘘管应一一切除，不能遗留，若术前注入美蓝对寻找支道更有帮助，一般应全部切除瘘道，若瘘道瘢痕组织过多过大，可大部切除，因割面过大过深血管结扎困难，且结扎线头越多，手术后易感染形成异物，增加复发机会，在手术中应尽量避免损伤直肠环，若高位内口瘘管经过直肠，肛管直肠环以下，瘘管切除，直肠环以上内口用埋线疗法处理比较安全，后修剪伤口边缘呈口大、底小的V字形，便于伤口深部比外部先行愈合，然后用凡士林纱布填塞伤口。