肛瘘的治疗关键是找到肛瘘的内口，肛瘘的内口是初起感染生成肛瘘的入口，是发病的起源，因此，肛瘘都有其内口，同时，瘘管长期不能愈合，充分证明有病灶内口的存在。是肛瘘治疗的关键就是肛瘘的内口处理。

 
    肛瘘治疗，一般来说，绝大多数内口在肛窦内及其附近，集中在肛管后正中部两侧发病。内口可在直肠下部或肛管的任何部位，但多在内外括约肌连接处的平面上。有的有二处内口，一处在肛管，一处在直肠。若内口在直肠下部，表示瘘管复杂，手术操作较困难，若同一平面上有两个内口，表示有两个瘘管，各有内口通入肛管。一般内口较小、圆形，在齿线附近可摸到变硬的凹陷，有的内口较大，形状不规则，内口较大的多为结核性肛瘘。
 

    肛瘘的内口处理是肛瘘治疗的关键所在。手术时如找不到内口，或内口处理失当，瘘管则不能完全治好。即便有时伤口暂时愈合，因入口仍然存在，感染时仍易复发，形成肛瘘。
 

   合肥中山医院肛肠科专家表示，肛瘘在手术之前，一定要仔细检查肛瘘的内口，完全切除或切开它，才能彻底治好肛瘘。