过敏性肠炎实质上是一种肠道(结肠)的紊乱失调。在正常情况下，肠道将垃圾通过规律的收缩推向直肠。但是如果患上了过敏性肠炎，这些收缩将变得很不规则，这将导致经痛、胀气、便秘和痢疾腹泻等。医生们现在还不了解到底是什么导致这种情况，尽管大多数人认为压力是一个重要因素，还有比平时更敏感的结肠，使得肠肌不自觉的开始痉挛。